Este es un nuevo concepto de Mega Man, ahora ya no controlas a Mega Man, el nuevo personaje es Zero, 100 años después, donde tiene que pelear contra la corporación Neo Arcadia, controlada por su ex-amigo y ex-compañero X, el cual ha apoyado con todo su esfuerzo al mal. El estilo de juego rememora mucho a los juegos de Mega Man X, sólo que Zero cuenta con habilidades que distinguen su modo de juego con los otros. Zero puede escoger entre un arma secundaria y una primaria con la que ataca siempre, además de combinarlas con elementos para darle más poder al arma y así causar más daño.

Recomendado: Mega Fans, Platform Lovers.